Сохранить паро и гидроизоляцию крыши

Проблему можно решить прикреплением снизу короба пароизоляции, а сверху установить негорючую мембрану и приклеить ее в стык на безопасном расстоянии. Либо оставить как есть)

Обернуть вокруг трубы стекловату не вариант? А сверху и снизу аккуратно зашить тем материалом, которым накрыта крыша. Есть еще специальные накладки с изоляцией вокруг трубы, чтобы вода не затекала внутрь.

Способов на самом деле много. В любом случае поверх дымохода надо сначала соорудить рубашку из материала, который не нагревается, а потом сверху уже лепить изоляционный материал.